La Paz, Baja California Sur (BCS).- Los jesuitas tuvieron un proyecto político que incluyó la probable fundación de misiones y puertos para dar abastecimiento a los galeones de la Corona Española, según Luis Domínguez Bareño, cronista de la ciudad. 

Dominguez Bareño dijo que a raíz de la separación política y el surgimiento del Estado en el Siglo XV, se va diferenciando lo religioso de lo gubernamental, lo que causó que los jesuitas tuvieran más de un solo propósito cuando se embarcaron en el proyecto de la colonización de la península. 

Los gobiernos pactaron con la iglesia que ya estaba preparada para asumir el poder de legitimadora y de codetentadora del poder, siendo el proyecto de los jesuitas uno de los últimos en registrarse. 

Pese a la ayuda financiera a través del Fondo Piadoso de las Californias, que recibió recursos de nobles, Juan María de Salvatierra se enfrentó a años malos y tuvo que dejar de fundar misiones, esto debido a falta de lluvias y a guerras con los nativos. Los donantes acordaban mantener la propiedad donada perpetuamente para las misiones y dedicar la renta de esta a dicha finalidad.

También surgieron intereses del Estado se contraponen a los intereses papales, como el darle seguridad a la Nao de China, que bajaba costeando la costa de California.

El Rey de España tenia la idea de que las misiones de la península sirvieran para proveer de agua y refugio a los galeones, algo que nunca pudo lograrse. 

Salvatierra tuvo que salir del California y dejar la encomienda a otros misioneros. no sin antes dejar constancia de que estaba convencido de que lo que hoy es La Paz, debido a que la zona no había sido colonizada y representaba un peligro para la vida misional.